Sócio proprietário do Flamengo desde 1978. Membro do Conselho de Administração do clube entre 2007 e 2009, Se tornou candidato à presidência pela “Chapa Azul”, após Wallim Vasconcelos, o candidato do grupo de empresários que idealizou a chapa, ter sua candidatura impugnada em uma reunião do Conselho Administrativo, em 8 de novembro de 2012 e seu nome surgiu como alternativa. Assim, foi confirmado como candidato ao pleito logo no dia seguinte.

Logo em suas primeiras entrevistas, ainda como candidato, se definiu como um torcedor de arquibancada apaixonado pelo Flamengo. Apoiado por um time de executivos de peso como Luiz Eduardo Baptista, presidente da Sky Brasil; Carlos Geraldo Langoni, ex-Banco Central e Flávio Godinho, executivo do Grupo EBX. O objetivo definido pelo grupo era a modernização de métodos e práticas e foco na gestão e desejava obter a profissionalização do clube no triênio de 2013 a 2015.
Zico foi o grande apoiador da campanha e um dos responsáveis pela vitória da “Chapa Azul”. A ideia é que Zico fosse uma espécie de conselheiro em todas as ações que envolvessem o gerenciamento do futebol.
As eleições ocorreram em 3 de dezembro de 2012 com a “Chapa Azul” obtendo 1.414 votos. A então mandatária Patrícia Amorim obteve 914 votos e o candidato Jorge Rodrigues, 347 votos.
Em 7 de dezembro de 2015 Foi reeleito Presidente para o triênio 2016–2018 Obtendo 1.632 votos. Contra 834 de Wallim Vasconcellos e 259 de Cacau Cotta.
Gestão
A gestão de Eduardo Bandeira de Mello no Flamengo foi muito elogiada, e considerada um exemplo de gestão para o esporte Brasileiro, sendo a Melhor gestão financeira. Ganhou vários prêmios de gestão e transparência. Sendo destaque no jornal Americano The New York Times, o clube reduziu a sua divida que passava de R$ 750 milhões em 2012 para R$ 360 milhões em 2017.
Para que isso fosse possível, o clube contratou a empresa de consultoria de gestão EY, que estabeleceu ciclos a cumprir. O primeiro eles chamaram de “recuperação da credibilidade”. Incluiu profissionalizar a gestão, elevar receitas e pagar dívidas. O ciclo seguinte (2016-2018), foi de investimentos. O terceiro ciclo (2018-2020), foi intitulado “virtuoso”.
Mandatos: 2013, 2014, 2015, 2016, 2017 e 2018.
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