No dia 19 de maio de 2009, Petkovic retornava ao Flamengo depois de 7 anos.
Ao lado de Adriano Imperador, Petkovic foi um dos destaques do time na conquista do Campeonato Brasileiro daquele mesmo ano.
“Queria voltar a vestir a camisa rubro-negra. Na verdade, o Flamengo não tem camisa, tem o Manto Sagrado. Isso pesa”, disse Petkovic após o acerto.
Poucos dias depois do anúncio, ele foi apresentado na Gávea. No Hexa, o sérvio vestiu a camisa 43, que ficou eternizada.
